Servicios de secuenciación
- Opciones de cobertura: mínimo de 30x.
- Preparación de librerías: Illumina DNA Prep or Illumina DNA PCR-Free Prep, entre otras.
- Controles de calidad de WGS humano.
- Las muestras secuenciadas están sujetas a rigurosos protocolos de control de calidad que comprenden, entre otros, el análisis de la integridad y de concentración y eliminación de impurezas de los ácidos nucleicos.
- Determinación in silico del sexo a partir de los datos de secuenciación.
- Realizamos ensamblaje de novo para genomas sin referencia.
- Disponible en el secuenciador NovaSeq 6000 (hasta 28 genomas humanos completos por célula de flujo, 90 Gb/genoma, >30x, 2×150 pb). Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea.
- En breve estará disponible la secuenciación de genomas completos a baja cobertura (lcWGS) tanto en secuenciadores de segunda como de tercera generación.
En el caso de WGS no humano, tenga presente que podemos personalizar la preparación y secuenciación del organismo de interés. Consúltenos sin compromiso. Otras especies: virus, bacterias, plantas vasculares, otros mamíferos, etc.
- Preparación de librerías: Illumina DNA Prep with Exon 2.5 Enrichment.
- También tenemos experiencia en el uso del kit de captura exómica
Agilent SureSelect HS2 XT (v8) y en la adaptación de protocolos a otras
opciones de tamaño de inserto. - Disponible en el secuenciador NovaSeq 6000 para proyectos de
envergadura (hasta 200 exomas a 100x con lecturas 2 x 100 pb).
Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea. - Disponible en el secuenciador NextSeq 550 para proyectos piloto y
proyectos con un número reducido de muestras o urgentes (6 exomas a 100x
con lecturas 2 x 75 pb). - Nuestro equipo ha procesado varios miles de exomas procedentes de
distintos centros de investigación e instituciones sanitarias nacionales
y foráneas.
- mRNA
- Utilizamos perlas de oligo-dT para enriquecer las moléculas de ARN poliadenilado de la muestra.
- Está disponible la secuenciación en los equipos NextSeq 550 y
NovaSeq 6000, con longitudes de lectura de 75 pb y 100 pb en modo
paired-end, respectivamente. - Los protocolos de preparación de librerías preservan la información de la cadena.
- Preparación de librerías: Illumina TruSeq Stranded mRNA.
- ARN total
- El ARN total permite estudiar el ARN codificante de proteínas, así como ARN largos no codificantes.
- Las longitudes de lectura disponibles son 75 pb y 100 pb en modo paired-end.
- La depleción de ribosomas en la preparación de bibliotecas minimiza la presencia de ARNr.
- Preparación de librerías: Illumina Stranded Total RNA with Ribo-zero.
- sRNA
- El ARN de pequeño tamaño brinda la capacidad de estudiar ARN de 17 a 37 pb.
- Estudio de una amplia variedad de clases de ARN reguladores.
- Preparación de librerías: Illumina TruSeq Small RNA.
- De interés para la creación de fragmentos aleatorios del ADN de la
muestra, por ejemplo de una muestra clínica o ambiental, que son
secuenciados posteriormente y ensamblados para reconstruir la secuencia
completa. - Preparación de librerías: Illumina Nextera XT y varias opciones para lecturas largas.
- Disponible en las plataformas MiSeq, NextSeq 550 y NovaSeq 6000.
También está disponible en secuenciadores basados en nanoporos (MinION
Mk1B/Mk1C y GridION x5). - Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea.
- De interés para identificar los sitios de unión de proteínas
asociadas al ADN en el genoma. Esta técnica combina la
inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) con la secuenciación masiva de
ADN para proporcionar una imagen detallada de la interacción entre
proteínas y ADN. - Preparación de librerías: Illumina TruSeq ChIP Library Preparation Kit.
- De interés para identificar ciertas modificaciones epigenéticas (p.
ej., metilación) del ADN que juegan un papel relevante en la regulación
de la expresión génica y otros procesos celulares. - Preparación de librerías: Twist Targeted Methylation.
- Disponible en NovaSeq 6000. Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea.
- Secuenciación de genomas completos de bacterias y virus.
- Secuenciación de 16S rRNA.
- Preparación de librerías para virus (p. ej., SARS-CoV-2, gripe y virus respiratorio sincitial): Illumina CovidSeq Test.
- Disponible en MiSeq, NextSeq 550 y NovaSeq 6000. Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea.
- Secuenciación de genomas completos de bacterias y virus.
- Secuenciación de 16S rRNA.
- Secuenciación adaptativa (p. ej., secuenciación de plásmidos).
- Metabarcoding (p. ej., secuenciación COI).
- Preparación de librerías: consultar alternativas de ONT.
- Disponible en plataformas para bajo rendimiento (MinION Mk1B/Mk1C) y proyectos de mayor escala (GridION x5).
- Panel Olink Reveal (1034 proteínas).
INFORMACIÓN DE CONTACTO
Instituto Tecnológico y de Energías Renovables – ITER S.A.
Polígono Industrial de Granadilla, s/n
38600 – Granadilla de Abona
Santa Cruz de Tenerife – España
(+34) 922-747-700
difusion@iter.es
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Responsable: ITER – Instituto tecnológico de energías renovables S.A. (+Info)
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