Servicios de Bioinformática
El Servicio de Genómica del ITER dispone de flujos de trabajo o pipelines bioinformáticos internos completamente automatizados específicos para cada servicio reduciendo considerablemente el tiempo de generación de resultados.
- Opciones de cobertura: mínimo de 30x.
- Preparación de librerías: Illumina DNA Prep or Illumina DNA PCR-Free Prep, entre otras.
- Controles de calidad de WGS humano.
- Las muestras secuenciadas están sujetas a rigurosos protocolos de control de calidad que comprenden, entre otros, el análisis de la integridad y de concentración y eliminación de impurezas de los ácidos nucleicos.
- Determinación in silico del sexo a partir de los datos de secuenciación.
- Realizamos ensamblaje de novo para genomas sin referencia.
- Disponible en el secuenciador NovaSeq 6000 (hasta 28 genomas humanos completos por célula de flujo, 90 Gb/genoma, >30x, 2×150 pb). Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea.
- En breve estará disponible la secuenciación de genomas completos a baja cobertura (lcWGS) tanto en secuenciadores de segunda como de tercera generación.
En el caso de WGS no humano, tenga presente que podemos personalizar la preparación y secuenciación del organismo de interés. Consúltenos sin compromiso. Otras especies: virus, bacterias, plantas vasculares, otros mamíferos, etc.
- Preparación de librerías: Illumina DNA Prep with Exon 2.5 Enrichment.
- También tenemos experiencia en el uso del kit de captura exómica
Agilent SureSelect HS2 XT (v8) y en la adaptación de protocolos a otras
opciones de tamaño de inserto. - Disponible en el secuenciador NovaSeq 6000 para proyectos de
envergadura (hasta 200 exomas a 100x con lecturas 2 x 100 pb).
Posibilidad de diseñar experimentos por célula de flujo y por línea. - Disponible en el secuenciador NextSeq 550 para proyectos piloto y
proyectos con un número reducido de muestras o urgentes (6 exomas a 100x
con lecturas 2 x 75 pb). - Nuestro equipo ha procesado varios miles de exomas procedentes de
distintos centros de investigación e instituciones sanitarias nacionales
y foráneas.
La infraestructura de HPC (https://teidehpc.iter.es/infraestructura/) permite el acceso, almacenamiento y transferencia de datos de forma completamente segura. Alojada en el Punto de Acceso Neutro (NAP) y asociado al proyecto D-Alix, se ofrece alta disponibilidad y seguridad 365x7x24 en el suministro energético (TIER IV) y de climatización (TIER III+) (https://www.iter.es/wp-content/uploads/2015/12/Folleto-D-ALiX.pdf). Puede encontrarse información y documentación detallada para facilitar la conexión con la infraestructura de HPC aquí (https://doc.hpc.iter.es/). Contacte con nuestro equipo.
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Instituto Tecnológico y de Energías Renovables – ITER S.A.
Polígono Industrial de Granadilla, s/n
38600 – Granadilla de Abona
Santa Cruz de Tenerife – España
(+34) 922-747-700
difusion@iter.es
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Responsable: ITER – Instituto tecnológico de energías renovables S.A. (+Info)
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