El nuevo protocolo de proteómica, de alto rendimiento y basado en tecnologías de secuenciación masiva
El Área de Genómica del ITER ha puesto a punto un nuevo protocolo para el análisis simultáneo de 1.034 proteínas, basado en la plataforma Olink Reveal. Esta metodología permite obtener perfiles proteómicos de alta dimensionalidad a partir de volúmenes reducidos de muestra, aprovechando la infraestructura de secuenciación masiva ya disponible en sus laboratorios.
En qué se basa este ensayo
El ensayo se basa en la tecnología PEA (Proximity Extension Assay o ensayo de extensión por proximidad). Para detectar cada proteína se utiliza una pareja de anticuerpos específicos, cada uno unido a un oligonucleótido de ADN. Cuando ambos anticuerpos reconocen simultáneamente su proteína diana, los oligonucleótidos quedan próximos, hibridan entre sí y generan una secuencia de ADN específica. De esta manera, la detección de cada proteína se transforma en una señal molecular que puede amplificarse y cuantificarse mediante secuenciación de nueva generación.
El número de lecturas asociado a cada secuencia permite estimar la abundancia relativa de la proteína correspondiente. El sistema combina así la especificidad de los inmunoensayos con la sensibilidad, la capacidad de multiplexado y la escalabilidad de las tecnologías de secuenciación masiva.
Cumplimiento de estándares de calidad en el Laboratorio de Genómica
Como parte del proceso de implantación, el Área de Genómica del ITER ha obtenido la certificación otorgada por la sede central de Olink en Uppsala, tras superar satisfactoriamente el denominado concordance test exigido por la compañía. Esta prueba verifica la concordancia del desempeño analítico del Laboratorio de Genómica con los criterios y estándares técnicos establecidos por Olink para la aplicación del protocolo.
Aplicaciones
Una de las principales aplicaciones de esta tecnología es el estudio y la identificación de biomarcadores asociados a enfermedades. La comparación de los perfiles proteómicos de distintos grupos de individuos puede ayudar a detectar proteínas o patrones proteicos relacionados con la presencia de una enfermedad, sus mecanismos biológicos, su gravedad o sus diferentes manifestaciones clínicas.
Estos perfiles también pueden contribuir al desarrollo de biomarcadores para la detección temprana, el diagnóstico diferencial y la estratificación de los pacientes según su riesgo o sus características moleculares. En estudios longitudinales, el análisis de muestras obtenidas en distintos momentos permite investigar cambios asociados con la progresión de una enfermedad, evaluar su evolución y estudiar marcadores con potencial utilidad pronóstica.
Otra aplicación relevante para esta tecnología es la evaluación de la respuesta de los pacientes a los distintos tratamientos. La variación de determinadas proteínas puede aportar información sobre la eficacia de una intervención, la aparición de resistencias, el riesgo de recaída o el desarrollo de efectos adversos. Este tipo de análisis resulta especialmente útil en los estudios de Medicina Personalizada de Precisión, en los que se busca seleccionar el tratamiento más adecuado para cada paciente y comprender por qué algunos individuos responden mejor que otros.
La plataforma ofrece además posibilidades para identificar nuevas dianas terapéuticas y rutas biológicas alteradas; estudiar procesos inflamatorios, inmunitarios, metabólicos y cardiovasculares; caracterizar la heterogeneidad molecular entre pacientes con un mismo diagnóstico; evaluar biomarcadores farmacodinámicos y de toxicidad; apoyar el diseño y seguimiento de ensayos clínicos, e investigar factores asociados con la recurrencia, las complicaciones o la supervivencia.
Asimismo, los datos obtenidos pueden integrarse con información genómica, clínica y epidemiológica en estudios multiómicos y proteogenómicos, con el objetivo de comprender mejor la relación entre la variación genética, los procesos biológicos y las características clínicas observadas.
La incorporación de este protocolo amplía las capacidades del ITER más allá del análisis del ADN mediante secuenciación del genoma o del exoma humano completo, y permite abordar proyectos de investigación biomédica desde una perspectiva más completa.
La implantación de este protocolo ha sido posible gracias a la cofinanciación recibida por parte de la Consejería Insular de Investigación, Innovación y Desarrollo del Cabildo de Tenerife, a través del Plan Director de Innovación de la isla de Tenerife, durante el periodo 2025– primer semestre de 2026.
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